Per il campionato di Serie D 1959/60 l’avvocato Petrullo affida la guida tecnica della squadra ad Ulisse Giunchi. L’undici dell’anno prima, campione regionale, è giustamente rivoluzionato per evitare gli errori del passato. Ai riconfermati Marganella, Dente, Lasorella e Brindisi si affiancano tanti volti nuovi (Lonzi, Ferrari, Feliciello, Santucci, Mascìa, Mascella, Masperi, Viacava, Alvetti, Zanetti, Camozzi, Metrano e Iafrate), ma l’avvio è disastroso: solo 3 pareggi nelle prime sette giornate. Successivamente però i potentini si riprendono e terminano il torneo al decimo posto con 33 punti, togliendosi anche qualche soddisfazione.
L’inizio della stagione 1960/61 è caratterizzata dalla decisione della dirigenza potentina di abolire la denominazione “Monticchio”. La squadra torna a chiamarsi Potenza Sport Club. In panchina viene riconfermato Giunchi ed arrivano in Basilicata nuovi giocatori (Masiero, Santoni, Tozzo, Frigo, Campagnoli, Ferrulli e Rosito) col dichiarato intento di un campionato di vertice. Stavolta i rossoblù partono col piede giusto (tre vittorie di fila), ma poi incappano in una inopinata sconfitta ad Ischia che fa suonare il campanello d’allarme. I dirigenti corrono ai ripari ed acquistano il mediano Quaiattini e lo stopper Nesti. Con i nuovi elementi Giunchi quadra il cerchio e non sbaglia più un colpo, il Potenza ottiene vittorie a ripetizione (alla fine saranno 24) ed ingaggia un appassionante duello con i rivali della Casertana. E proprio sul terreno della sua diretta antagonista, alla quartultima giornata (è il 14 maggio 1961), il Potenza compie il suo capolavoro sconfiggendo i campani grazie ad un rigore di Vincenzo Ferrulli. Le tre partite che restano sono una passerella per i giocatori rossoblù che stravincono il girone F di Serie D stabilendo una serie di record tra cui maggior numero di punti (56) e di reti realizzate (61), minor numero di reti subìte (16), miglior media inglese (+5), oltre al numero di vittorie.
Serie C 1961/62. Dopo tredici anni il Potenza torna in questa categoria e, per la terza stagione consecutiva, Giunchi siede in panchina. La cessione più importante è quella di Rosito che, per un anno, va alla Pistoiese; i nuovi arrivi sono il terzino Spanò, i centrocampisti De Grassi, Marangi, Marano e Vaini, il centravanti Filini e l’ala Attili. Dopo un inizio abbastanza stentato la squadra si riprende e, stupendo gli addetti ai lavori, conclude il campionato con un brillante terzo posto a 40 punti dietro Foggia e Lecce.
Il Potenza edizione 1962/63, che affronta il suo secondo consecutivo torneo di Serie C, presenta la novità dell’allenatore: a Giunchi, passato alla Salernitana, succede Egizio Rubino, distinto quarantatreenne nato al Cairo (le sue origini ne spiegano il nome). La difesa è confermata in blocco e tra i nuovi calciatori, oltre al ritorno di Rosito, si registrano gli arrivi del centromediano Taverna, dell’interno Lodi, della mezzala Gualtieri, dell’ala Gareffa e del centravanti Alessi. La squadra può contare su elementi tutti molto validi ed il torneo, davvero esaltante, si restringe sin dalle prime battute a due sole contendenti: Potenza e Salernitana. Il 28 aprile 1963, 30a giornata di campionato, al “Vestuti” di Salerno è in programma la sfida decisiva. Davanti a 15mila spettatori i rossoblù superano i granata di casa grazie alla rete di Vincenzo Rosito. Al termine della gara si registrano gravissimi incidenti causati dai tifosi campani e quel pomeriggio di sport diventa terrificante per la morte di un pacifico tifoso, Giuseppe Plaitano, colpito alla tempia da un proiettile sparato dal campo: è la prima vittima in Italia della violenza da stadio. La Salernitana cede definitivamente il passo ai lucani ed il campionato termina con il trionfo del Potenza che, nel volgere di due anni, consegue la seconda promozione, stavolta dalla C alla B. La favola è appena cominciata.